L'elezione del successore di Giovanni XV si fece attendere un paio di mesi, e questo perché Ottone III era sceso in Italia e i Romani non volevano rischiare di irritare il giovane re e futuro nuovo imperatore. Giovanni Crescenzio ritenne opportuno non smuovere le acque e, pago di quanto era riuscito ad arraffare per sé e la sua famiglia, attendeva gli eventi. Si preoccupò d'inviare un'ambasceria al giovane Ottone a Ravenna con nobili messaggi che gli testimoniassero l'ansia con cui i Romani lo attendevano per conoscere la sua volontà nell'elezione del futuro pontefice.
La decisione Ottone l'aveva già presa: la scelta era caduta sul cugino Brunone, suo cappellano, un giovane sacerdote di 24 anni, di buona cultura e di carattere deciso. Accompagnato a Roma dall'arcivescovo di Magonza e dal vescovo di Worms, Brunone fu accolto con grandi onori, chiaramente non spontanei. Per la prima volta un uomo di stirpe tedesca saliva sul trono di Pietro, non solo, ma dai tempi del siro Zaccaria i Romani si erano abituati a vedere sul trono perlopiù pontefici di nascita romana, tranne sette papi i cui natali risalivano comunque alle immediate vicinanze della città. Il loro sentimento campanilistico fu colpito e il loro orgoglio ferito.
La consacrazione di Brunone avvenne il 3 maggio del 996 ed egli assunse il nome di Gregorio V; da allora tutti i papi cambiarono il proprio nome di nascita, per significare fondamentalmente nella suprema elezione al pontificato una specie di seconda nascita.
Solo dopo l'insediamento del cugino, Ottone III arrivò a Roma con il principale scopo di essere incoronato imperatore, il che avvenne in San Pietro il 21 maggio. Ma, quattro giorni dopo, Ottone e Gregorio convocarono nell'antica basilica un concilio che aveva il preciso programma di riordinare la situazione nella città in maniera definitiva; fu un concilio che assunse in pratica il carattere di corte giudiziaria.
I Romani ribelli, che avevano scacciato Giovanni XV, furono citati in giudizio, ma la sottomissione da essi dimostrata valse a mitigare la sentenza dei giudizi. Non ci fu alcuna sentenza di morte; i capipartito, come Giovanni Crescenzio, inizialmente condannati all'esilio furono in seguito graziati per espressa volontà del papa che, nel tentativo di conciliarsi l'animo dei cittadini, ottenne da Ottone totale clemenza nei confronti degli imputati. Giovanni Crescenzio fece il suo giuramento di fedeltà, e Ottone e Gregorio si ritennero sicuri di avere in mano la situazione, tanto da indulgere a quella clemenza che fu invece un autentico sbaglio politico.
Partito infatti Ottone III da Roma e rientrato in Germania nel giugno, subito nella città si organizzò una congiura contro il papa tedesco, fautore Giovanni Crescenzio. Gregorio V venne apertamente accusato di corruzione degli alti funzionari civili, tutti favorevoli all'imperatore, con il preciso scopo di imporre un regime dispotico. La rivolta scoppiò il 29 settembre del 996 e il papa fuggì. Giovanni Crescenzio sapeva bene che quanto prima Ottone III si sarebbe presentato a Roma per domare la rivolta, e così si organizzò in Castel Sant'Angelo, fortificandolo con tutti i mezzi a disposizione e con un numeroso seguito di armati, deciso a non cedere.
Nel frattempo Gregorio raggiungeva Pavia e li convocava un concilio agli inizi del 997, emanando vari decreti su questioni relative alla Chiesa tedesca; si sentiva sicuro dell'appoggio del cugino e si comportava con grande dignità e senza timore. Riguardo alla situazione esistente in Roma si limitò ad esortare i vescovi tedeschi a confermare la scomunica da lui pronunciata contro Giovanni Crescenzio e seguitare a riconoscere la supremazia della sede di Pietro. Tra l'altro comunicò che come vescovo di Roma, contro le decisioni dei concili provinciali, avrebbe sostenuto con forza le "Decretali isidoriane" o Pseudoisidoriane, come più opportunamente andavano chiamate, di cui si è parlato nel pontificato di Leone IV e che sembravano non aver trovato dai tempi di Niccolò I un papa capace di sfruttarne le ampie possibilità nel gioco di potere.
Gregorio V si sentiva giustamente nel pieno delle sue funzioni e riteneva la situazione di rivolta puramente passeggera; era questione solo di mesi e dipendeva dall'intervento di Ottone che non si sarebbe certo fatto attendere poi tanto, una volta respinto l'assalto degli Slavi dalla Germania.
Nel frattempo Crescenzio aveva assunto di nuovo il titolo di patricius e aveva provveduto anche a dare ai Romani un altro papa, il calabrese Giovanni Filagato, già favorito dell'imperatrice Teofane ed eletto vescovo di Piacenza, che si era unito ai rivoluzionari tradendo il partito imperiale. Ambizioso, colse al volo l'occasione che Giovanni Crescenzio gli offriva e assunse la carica di pontefice con il nome di Giovanni XVI nell'aprile del 997; chiaramente è considerato un antipapa.
Lasciato il potere temporale a Crescenzio, egli avrebbe dovuto rappresentare il potere religioso, e cercò appoggio presso l'imperatore d'Oriente e il patriarca di Costantinopoli; ma sostanzialmente rimase solo, perché l'Oriente non rischiò un'inutile guerra con Ottone III.
Questi, alla fine del 997, liberatosi dai suoi impegni con gli Slavi, scese in Italia: s'incontrò con il cugino a Pavia e là celebrarono insieme il Natale. Con calma scesero poi verso Roma, dove arrivarono nel febbraio del 998: trovarono le porte spalancate e le mura indifese. Solo Castel Sant' Angelo era occupato da Crescenzio, deciso a resistere fino all'ultimo sangue. L'antipapa Giovanni XVI era fuggito terrorizzato nella Campagna romana; snidato dai cavalieri imperiali, fu trascinato a Roma con la testa ridotta a un colabrodo. Per ordine di Ottone gli furono mozzati il naso, la lingua e le orecchie e strappati gli occhi; così malridotto, venne gettato in carcere in un convento, dove dovevano essergli curate le ferite in attesa di un giudizio definitivo nei suoi confronti. Questo si ebbe nel marzo, quando Gregorio convocò un concilio in Laterano, al quale Filagato fu convocato con l'aspetto raccapricciante che poteva avere, mutilato com'era e vestito degli abiti pontifici. In pieno concilio gli venne strappato il pallio e fu posto alla gogna in giro per le strade della città in groppa a rovescio su un asino, come era accaduto al prefetto Pietro sotto Giovanni XIII.
Intanto proseguiva l'assalto a Castel San'Angelo; il marchese Eckard di Meissen, incaricato di tutte le operazioni, riuscì a conquistare la fortezza il 29 aprile del 998; Giovanni Crescenzio fu decapitato sui merli del castello. Il suo cadavere, precipitato dall'alto delle mura, venne infine appeso ad una forca innalzata ai piedi di Monte Mario.
Alcune cronache riferiscono che gli furono prima cavati gli occhi, poi le membra e che quindi il suo corpo mozzo, avvolto in una pelle di vacca, fu portato alla gogna per le strade di Roma. Il Monte Mario fu dai Tedeschi ribattezzato Mons Gaudii, ma per i Romani rimase Mons Malus; il loro "eroe" fu poi sepolto a San Pancrazio al Gianicolo.
Gregorio V e Ottone III usarono dunque la maniera forte per imporre il proprio dominio in Roma e con energia si opposero all'arroganza dei nobili della Sabina, perlopiù imparentati con i Crescenzi, rafforzando il monastero di Farfa favorevole all'impero.
Ma Ottone, dopo il concilio del 998, fu assalito dai rimorsi e pellegrinò nell'Italia meridionale tra vari monasteri e abbazie alla ricerca di una pace interiore.
Gregorio V probabilmente non ebbe problemi del genere e in ogni circostanza mantenne una dignità ferma nonostante anch'egli fosse giovane. Sostanzialmente ci pare esatto quanto su di lui ha scritto il Seppelt: "Il primo papa tedesco del medio evo dimostrò con il suo tenore di vita e con la sua attività di uniformarsi pienamente alla riforma ecclesiastica e, ciò che era ancora più importante, di essere permeato dello spirito di un Gregorio Magno e di un Niccolò I, anche se riguardi di parentela ed i doveri della gratitudine lo mantenevano in stretti rapporti con l'imperatore; Gregorio era deciso a salvaguardare con tutta la sua energia, anzi con irruente zelo giovanile, i diritti spettanti alla sede apostolica nell'ambito della Chiesa universale. Così avvenne del resto quando si occupò della vertenza ecclesiastica di Reims, durante la quale il contegno dell'episcopato francese aveva messo in serio pericolo il prestigio della sede apostolica. Il papa, inoltre, durante un sinodo romano (fine maggio 996), dichiarò apertamente che Arnolfo era il titolare legittimo della sede arciepiscopale di Reims e non esitò a definire un intruso Gerberto, protetto dall'imperatore" e che sarebbe stato peraltro il suo successore sul trono di Pietro.
Gregorio V morì a soli 27 anni il 18 febbraio del 999 e fu sepolto in San Pietro.
