Alla morte di Pasquale I, i tumulti sorti durante i suoi funerali portarono a veri e propri scontri tra le due opposte fazioni che miravano ciascuna all'affermazione di un proprio candidato sul trono di Pietro. Il clero e il popolo sostenevano un certo Sisinnio, ma la nobiltà, chiaramente filoimperiale, riuscì ad imporre l'arcipresbitero romano di S. Sabina all'Aventino, Eugenio, anche grazie all'apporto dato a questa fazione dal consigliere di Lotario presente a Roma, Wala.
Eugenio II fu consacrato nel maggio dell' 824 e la notizia della elezione fu inviata a Ludovico tramite il suddiacono Quirino, rinnovando al solito il giuramento di fedeltà e il patto d'amicizia. Ma ad Aquisgrana le notizie dei disordini erano state puntualmente riferite e giustamente si temeva che essi potessero seguitare anche dopo la consacrazione del papa. Era necessario togliere le cause del malcontento ed instaurare energicamente l'ordine in Roma, ovvero si trattava di rendere giuridicamente sicuri i diritti imperiali nello Stato pontificio. A questo scopo nell'agosto dell'824 l'imperatore mandò nuovamente in Italia Lotario, che giunse a Roma nell'autunno.
Il primo atto da lui compiuto fu una rigorosa inchiesta su tutti i fatti avvenuti durante i pontificati di Leone III e di Pasquale I, cui seguirono dei provvedimenti che riscossero il plauso della cittadinanza: alle famiglie dei condannati a morte vennero restituiti i beni confiscati e gli autori delle sentenze furono mandati in esilio.
Ma l'inchiesta mise particolarmente in luce i mali che affliggevano la città e il malgoverno del clero; Eugenio, pur vedendo Lotario colpire direttamente la Curia pontificia, non poté opporsi all'energico suo comportamento, sacrificando anche persone che gli erano state vicine al momento dell'elezione; la cosa fondamentale era per ora il recupero di una situazione di pace nello Stato pontificio.
Per porre rimedio alle condizioni disastrose dell'amministrazione pontificia in Roma, l'11 novembre di quell'anno, nella basilica di S. Pietro, Lotario promulgò una famosa costituzione con la quale si fissavano i rapporti giuridici dello Stato pontificio verso l'impero e si tutelavano i diritti dei cittadini. La Constitutio Lothari era impostata su nove articoli ed affermava che erano inviolabili tutte le persone poste sotto la protezione dell'imperatore e del papa; proibiva le depredazioni nella Campagna romana e nelle terre di proprietà della Chiesa; ordinava che l'intera amministrazione papale fosse sottoposta ad un regolare controllo con l'istituzione di due missi, uno imperiale e l'altro pontificio, ambedue residenti a Roma, che dovevano riferire annualmente all'imperatore l'attività svolta da ogni singolo funzionario dello Stato. Venivano infine modificate le modalità sull'elezione papale, con la riammissione dei laici e la conferma dell'eletto da parte dell'imperatore prima della sua consacrazione, come indica il giuramento che Lotario fece prestare a tutto il popolo romano
sulla Constitutio.
Queste disposizioni rappresentavano l'apice della potenza imperiale sullo Stato pontificio; erano annullate di colpo tutte le ampie concessioni fatte pochi anni prima nel Pactum Ludovicianum e in pratica l'imperatore d'Occidente si sostituiva a quello d'Oriente nell'affermare la sua completa sovranità sul papa nell'esercizio dei poteri amministrativi e giuridici nello Stato pontificio. "Io prometto per Dio Onnipotente, per questi quattro sacri Vangeli, per questa croce del Signor Nostro Gesù Cristo e per il corpo del Beatissimo Pietro, principe degli apostoli", giurò il popolo romano con il clero e i nobili, "che da questo giorno in poi sarò fedele ai nostri signori imperatori Ludovico e Lotario per tutti i giorni della mia vita, secondo le mie forze e il mio intelletto, senza frode e malanimo, salva la fede che ho promesso al signore apostolico; e che non consentirò secondo le forze e l'intelletto mio, che in questa sede romana l'elezione del pontefice non sia fatta secondo la giustizia e il diritto canonico, e che non consentirò che colui che sarà stato eletto con la mia approvazione venga consacrato prima ch'egli, in presenza del messo imperiale e del popolo, abbia prestato lo stesso giuramento che il pontefice Eugenio, spontaneamente e per la salute di tutti ha per iscritto fatto."
Lotario poté a questo punto lasciare l'Italia soddisfatto; era certo di aver fatto un buon lavoro. Ma questa posizione di egemonia dell'imperatore così chiaramente espressa nella costituzione emanata e così santamente consacrata dal solenne giuramento, non fu di lunga durata. E l'occasione si presentò al papa proprio per il comportamento incerto dell'imperatore, quando questi dovette occuparsi ancora una volta della questione iconoclasta, scatenatasi di nuovo in Oriente.
Fautore della politica iconoclasta era il nuovo imperatore Michele II il Balbuziente che, dopo aver ripristinato le vecchie leggi contro il culto delle immagini, cercò di coinvolgere nella questione il collega d'Occidente, Ludovico, inviandogli proprio nell'824 un'ambasceria. Lo scopo era quello di indurlo ad influire su Eugenio II per una diffusione dell'iconoclastia nell'Occidente. Ludovico agì con molta inusitata diplomazia per un imperatore, chiedendo ad Eugenio il permesso di far stendere per i Bizantini un parere sulla questione da parte dei vescovi franchi; era già un cedimento ed Eugenio acconsentì di buon grado. Si rese conto che Ludovico in tal modo gli riconosceva una certa autorità su questioni di carattere esclusivamente ecclesiastico.
E così nel novembre dell'825 si ebbe a Parigi una conferenza dei vescovi franchi, che ritirò fuori il parere già espresso ai tempi di Carlomagno, sostanzialmente contrario al concilio di Nicea del 787, e questa volta con l'aggiunta di una dichiarazione di riconosciuta ignoranza della figura del pontefice sull'argomento in questione; secondo costoro il papa doveva aderire alla loro "verità". Ludovico non se la sentì di imporre al papa i risultati della conferenza, dando così nuova prova della sua indole "pia" e riconoscendo in pratica il prestigio del vescovo di Roma. Si limitò ad inviare ad Eugenio un estratto dei lavori, rimettendo in fondo a lui ogni decisione in merito; la risposta di Eugenio II non ci è nota, ma indirettamente si può intuire quale fu dal concilio che nell'826 il papa convocò a Roma nel Laterano alla presenza di 62 vescovi.
In esso non si parlò della questione dell'iconoclastia, perché evidentemente su di essa già era stato espresso un parere preciso, ma furono sanciti ben trentotto canoni di diritto ecclesiastico, che non contemplavano minimamente l'eventualità di un'approvazione imperiale; tra l'altro, essi contenevano disposizioni sull'istruzione dei sacerdoti, sul tenore di vita dei sacerdoti secolari e dei monaci, sull'elezione dei vescovi e sui loro doveri. Si sanciva inoltre che, in tutte le pievi e in qualsiasi luogo vi fosse bisogno, si provvedesse all'insegnamento delle lettere per spiegare le Sacre Scritture; si trattava di un'istituzione importante, base di quella futura impostazione di istruzione nazionale di stampo tutto ecclesiastico che ebbe l'Italia nei vari secoli. Ma questo concilio, come osserva giustamente il Seppelt, "dimostra altresì come il papato prende di nuovo energicamente la direzione della riforma ecclesiastica, già esercitata da Carlomagno con molto zelo". Era un grosso colpo inferto alla parziale laicizzazione dello Stato pontificio tentata da Lotario o comunque all'ingerenza imperiale nelle questioni ecclesiastiche.
Eugenio II morì nell'agosto dell'827 e fu sepolto in S. Pietro.
