Il campanile (sec. XIII) sorge all'estremità meridionale del braccio sinistro del transetto dell'antica chiesa di S. Prassede, inglobandone parte delle strutture. Una serie di affreschi decoravano l'interno della torre: segnalati per la prima volta nel 1806, sono molto frammentari, si svolgono su più registri e narrano le storie della vita di martiri e di santi le cui reliquie furono traslate in questa basilica. In questo ambiente si conserva ancora una finestra originale con la sua transenna in scagliola a cui si fece riferimento, nel 1937, quando furono ricostruite le due finestre sulla facciata della chiesa.
Di forma rettangolare, la torre campanaria si innalza con un solo piano scandito da una coppia di bifore per lato poggianti su colonnine marmoree e capitelli a stampella. Una cornice formata da quattro aggetti laterizi a denti di sega corre a metà del piano, mentre la cella campanaria è rifinita inferiormente da una cornice a modiglioni e denti di sega orientati alternativamente verso destra e verso sinistra: tipo di ornamentazione che si fa risalire al momento in cui i Vallombrosani si insediarono all'interno del monastero. All'interno funzionano due campane del 1621.