Tumulti e scontri tra sostenitori di opposte fazioni accompagnarono il feretro di Bonifacio VIII; la città era in armi. Da Napoli era arrivato anche Carlo II con i figli Roberto e Filippo e diverse truppe; perfino Federico aveva inviato dalla Sicilia alcune navi che stavano all'ancora nel porto di Ostia. Si temeva il peggio, quando i cardinali, riuniti in conclave a S. Pietro dieci giorni dopo la morte di Bonifacio VIII, il 22 ottobre 1303 già avevano trovato un successore nella persona di Niccolò Boccassini, vescovo cardinale di Ostia; veniva incoronato in S. Pietro il 27 ottobre col nome di Benedetto
XI.
Nato nel 1240 a Treviso, proveniva da modestissima famiglia. Sua madre faceva la lavandaia nel vicino convento dei domenicani e questa sua mansione favorì l'ingresso del figlio nel giovane ordine di S. Domenico. Indossato l'abito religioso a diciassette anni, Niccolò completò gli studi a Milano. Ordinato sacerdote, fece ritorno a Treviso dove svolse il compito di insegnante nel proprio
convento e di precettore in casa di un nobile veneziano. Si distinse per mitezza di carattere, purezza di vita, umiltà e pietà. Eletto nel 1286 superiore provinciale della vasta regione lombarda, riuscì a mettere pace tra i Domenicani e la città di Parma.
Dieci anni dopo fu chiamato a succedere a Stefano di Besancon nella carica di generale dell'Ordine.
Poco dopo, il figlio di un'umile lavandaia trevisana, riuscì a realizzare una difficile tregua d'armi tra il re d'Inghilterra, Edoardo I, e il re di Francia, Filippo il Bello. Questa sua missione di pace, coronata dall'insperato successo, valse al generale dei domenicani il cappello cardinalizio, accordatogli da papa Bonifacio
VIII, che intese con questa nomina premiare anche tutto l'ordine domenicano, per la sua adesione al pontefice.
Da cardinale, non riuscì ad evitare che Bonifacio VIII emanasse la Bolla che vietava agli ordini mendicanti di predicare e confessare fuori dai propri conventi. Nonostante ciò, si mantenne fedele al
papa durante il triste periodo di Anagni e gli era accanto quando venne colpito dallo schiaffo dell'emissario di Filippo il Bello, Guglielmo di
Nogaret.
Morto Bonifacio VIII, i cardinali, riuniti in conclave a Roma, il 22 ottobre 1303 gli diedero come successore proprio il cardinale
Boccasini, uomo conciliante e il più indicato a mettere riparo all'increscioso conflitto tra il papato e il re di Francia.
Eletto
papa, mantenne il suo carattere mite; non vergognandosi delle sue oscure origini
pare che accolse alla presenza di
tutta la corte la madre ricoperta di poveri panni.
Ma si fece interprete della resa definitiva del papato alle forze laiche dello Stato contro le quali aveva scontrato il suo predecessore.
In effetti era privo di alleati contro il re di Francia, non potendo neanche contare sull'appoggio della Gennania. Eppure qualcosa fu costretto a fare per smuovere la situazione di smacco in cui la Chiesa era sprofondata con l'affronto di Anagni; così il 6 novembre istruì un processo contro i congiurati, che si concluse il 23 dicembre. Ma si trattò di una farsa, perché in pratica i Colonna seppero difendersi con fermezza fino a pretendere un indennizzo per i torti subiti da Bonifacio VIII; furono infatti sciolti dalla scomunica, tranne Sciarra, con la restituzione di alcuni territori confiscati, anche se per la ricostruzione delle loro rocche avrebbero dovuto attendere un permesso speciale del papa.
I cardinali Giacomo e Pietro chiesero di essere reintegrati nella loro carica, ma Benedetto si rifiutò; essi invocarono allora la protezione di Filippo il Bello. Questi badò essenzialmente ai propri interessi e, con la ripetuta intenzione di voler convocare un concilio che condannasse tutto l'operato di Bonifacio VIII, ottenne che Benedetto si piegasse alla sua volontà.
Infatti il papa, spontaneamente, senza attendere l'ambasceria del re, abrogò tutti i decreti emessi dal suo predecessore contro Filippo con delle bolle speciali promulgate in data 13 maggio 1304. Si arrivò così ad una conciliazione tra la Francia e la Chiesa, ma queste bolle, come nota il Gregorovius, rappresentarono "la sentenza di morte del papato come organismo politico; segnarono il suo ritiro dalla posizione di dominio che esso vantava nell'universo e furono il solstizio della sua storia". Di qui sarebbe derivata l'opera totalmente denigratrice operata nei confronti di papa Caetani sotto Clemente V. .
Peraltro la situazione a Roma seguitava ad essere caotica in una lotta ad oltranza tra Caetani e Colonna; questi ultimi riuscirono a far sentire nuovamente la loro voce in Campidoglio, dove erano senatori Gentile Orsini e Luca Savelli. Benedetto ritenne opportuno lasciare Roma e rifugiarsi a Montefiascone, poi a Orvieto e infine a Perugia. In questa città aprì un nuovo processo sui fatti di Anagni e poté arrivare ad una sentenza ferma, che portò alla scomunica di Guglielmo di Nogaret, Sciarra Colonna e altri capipopolo; nella bolla che sanzionò il verdetto era tacitamente compreso anche Filippo il Bello, quale mandante dell'aggressione. Essa fu resa coraggiosamente pubblica il 7 giugno, ma un mese esatto dopo, il 7 luglio 1304, Benedetto XI era già morto, forse avvelenato.
"Stando egli a sua mensa a mangiare", secondo quanto racconta il Villani, "gli venne uno giovane vestito e velato in abito di femmina, come servigiale delle monache di Santa Petronilla di Perugia, con uno bacino d'argento, iv'entro molti belli fichi fiori, e presentogli al papa da parte della badessa di quello monastero sua divota. Il papa gli ricevette a gran festa, e perché gli mangiava volentieri, e senza farne saggio, perché era presentato da femmina, ne mangiò assai, onde incontanente cadde malato, et in pochi dì morìo."
Prima di morire, sentendosi venir meno, fece spalancare le porte del palazzo per concedere un'ultima udienza e benedizione ai fedeli.
La morte sarebbe stata causata dalla polvere di diamante iniettata nei fichi, e, anche se il Castiglioni osserva che fu uno "strano modo di avvelenamento" e il Gregorovius che "si tratta certamente di un'invenzione", non c'è un concreto motivo per non credere autentico il suo assassinio da parte del Nogaret e di Sciarra Colonna, scomunicati un mese prima.
Benedetto XI fu sepolto a Perugia nella chiesa di S. Domenico; beatificato dalla Chiesa, ne fu confermato il culto nel 1736.
Uomo di grande intelletto,
lasciò alcuni commenti alle Sacre Scritture. Tra gli atti del suo breve pontificato, c'è il decreto che fa obbligo a ogni cristiano di confessarsi almeno una volta all'anno.