Sul luogo ove sorge la chiesa da tempo antichissimo si trovava l'Ara Maxima Herculis, luogo di culto greco semidio che testimoniava della precoce penetrazione di aspetti del culto greco in Roma; anche in relazione al carattere di zona portuale e di commerci dell'aerea del Velabro fin dalla più alta antichità. L'ara è stata identificata da diversi archeologi con il gigantesco blocco di tufo nel quale è scavata la cripta della chiesa, e vicino ad essa sorgeva un tempio di Ercole, che sopravvisse sino alla fine del XV secolo. Accanto all'ara, sul finire del IV secolo d.C., un precedente edificio fu trasformato in sede della Statio Annonae, l'istituzione che curava le distribuzioni gratuite di cibo alla cittadinanza romana. Questa funzione passò alla chiesa romana sul finire del VI secolo, ed il complesso fu trasformato in una diaconìa, chiamata Santa Maria in Schola Graeca, quando vi si trasferirono monaci bizantini che fuggivano dalle persecuzioni iconoclaste, nel 782, dandogli poi anche l'attributo di kosmidion, per lo splendore delle decorazioni.

In quell'anno Adriano I raddoppiò l'edificio, demolendo un maximum monumentum de tiburtino lapide (forse un muro della Statio Annonae), di cui utilizzò le macerie per costruire la nuova abside. Questa nuova chiesa si presentava con colonne trabeate e con le pareti della navata centrale movimentate da gallerie (matroneo).
Rovinatasi in seguito a un terremoto (forse quello dell'847, che causò probabilmente anche l'abbandono di S. Maria Antiqua), la chiesa fu restaurata da papa Niccolò I (858-867), che vi aggiunse anche una sacrestia, un oratorio dedicato a S. Niccolò in Schola Graeca e un edificio adibito a dimora pontificia, poi trasformato in palazzo diaconale. Parzialmente distrutta durante l'invasione di Roberto il Guiscardo del 1084, la chiesa fu restaurata sotto i papi Gelasio II (1118-1119) e Callisto II (1119-1124); artefice di questa grande campagna fu Alfano Camerario, a cui si deve sostanzialmente l'aspetto attuale della chiesa.
Alfano, pur non modificando la pianta dell'edificio d'età carolingia, coprì la 'loggia' con un nartece a due piani, provvisto sul davanti da un protiro su quattro colonne e tamponò il matroneo (poi riaperto alla fine del sec. XIX) per avere più vaste porzioni di muri da dipingere; infine alternò le colonne a pilastri collegandole con arcate, secondo uno schema non specificamente classico, adottato anche a S. Clemente e ai Ss. Quattro Coronati.
Francesco Caetani, diacono dal 1295 al 1304, restaurò nuovamente la chiesa, dotandola probabilmente di una nuova facciata e trasformò l'adiacente palazzo diaconale.

Nei secoli successivi, passata ai Benedettini, decadde, per essere restaurata secondo una garbata veste rococò da Giuseppe Sardi nel 1718 (clicca QUI per vedere com'era nei secc. XVIII e XIX), veste che le fu tolta completamente durante il ripristino delle originarie forme romaniche ad opera dell'architetto Giovanni Battista Giovenale nel 1894/1899: furono eliminate la facciata e le false volte del XVII secolo, rimettendo in luce quanto rimaneva (nel sottotetto barocco) del ciclo affrescato nel 1123. Gli ultimi restauri risalgono al 1964 e riguardano il portico e il campanile.

VISITA

La facciata attuale, ripristinata, si presenta preceduta da un portico ad arcate, sovrastato da monofore, con al centro un protiro. Il portico è sovrastato dalla parte alta della facciata della navata centrale (in cui si aprono tre finestre). Sulla destra il campanile romanico, uno dei più belli della città, a sette piani.

Nel portico la celeberrima Bocca della Verità, accreditata dell'attitudine di mozzare la mano dello spergiuro che ve la introducesse. In origine probabilmente era un chiusino monumentale della Cloaca Massima, o la copertura di un pozzo (posto qui nel 1632). Oltre a questa sono murate alcune iscrizioni con atti di donazione:
1) un'epigrafe del X secolo con l'elenco dei doni fatti da un certo Teubaldo (case, orti, vigne, oggetti liturgici) alla chiesa di S. Valentino sulla Via Flaminia;
2) un'iscrizione dell'VIII secolo da cui risulta la donazione da parte di un certo Eustazio e di suo fratello (Giorgio o Gregorio) di alcuni vigneti …qui sunt in Testacio (si tratta della prima attestazione di questo toponimo per la collina artificiale presso il Tevere);
3) una scultura con un'epigrafe mutila letta completamente nel XV secolo: Honoris Dei et Sancte Dei Genitricis Marie, pontificatus Domini Adriani pape, ego Gregorius notarius.
E infine la tomba di Alfano, corredata da un'iscrizione: Vir probus Alfanus cernens quia cuncta perirent / hoc sibi sarcofagum statuit ne totus obiret / fabrica delectat pollet quia penitus extra / sed monet interius quia post haec tristia restant. La tomba è sovrastata da una copertura a tetto di sapore fortemente antichizzante e doveva essere completata da una lunetta affrescata, ora praticamente distrutta, raffigurante la Vergine con il Bambino tra Gelasio II e Callisto II.
Sul muro del portico sono visibili anche tracce di un affresco con l'Annunciazione e la Natività.

Dal portico si accede al piano superiore ove è allestito un Antiquarium. Qui insieme ad altri frammenti di opere recuperate durante i restauri di fine Ottocento, si conservano frammenti dell'arredo del tempo di Adriano I e una croce di consacrazione del 1123 in mosaico cosmatesco. Da questi ambienti si può esaminare da vicino una cortina in tufelli, appartenente forse alla chiesa altomedioevale.

Il portale d'ingresso alla chiesa ha un'incorniciatura scolpita con una serie di figurazioni: racemi con uccellini, fogliette, piccoli ovoli, una mano benedicente, due agnelli, due croci, i simboli degli Evangelisti, due pissidi, due uccelli; al di sopra corre la scritta Ioannes de Venetia me fecit.

L'interno, radicalmente restaurato nel 1893, è a tre navate con quattro pilastri e diciotto colonne di recupero; cinque capitelli sono dell'epoca di Gelasio. Un po' ovunque (nei muri perimetrali della chiesa, verso la controfacciata e nella sagrestia) sono visibili, inglobate nei muri, le antiche colonne superstiti dell'edificio antico identificato come Statio Annonae, le quali in alcuni casi conservano i loro capitelli

L'edificio aveva un orientamento trasversale rispetto a quello della chiesa attuale. Il matroneo, restaurato, è ancora quello della chiesa dell'VIII secolo; nella parte superiore della navata centrale e sull'arco trionfale si conservano, su tre strati, pitture dall'VIII al XII secol. Al centro della navata, la schola cantorum, con due pulpiti e baldacchini della fine del XIII secolo, mentre il sottostante altare maggiore è un antico pezzo lavorato di granito rosso qui collocato nel 1123.

Anche il cero pasquale è della fine del XIII secolo. 

Il pavimento cosmatesco è pertinente al restauro ottocentesco, ma quello della schola cantorum è ancora originale: è composto da un motivo centrale con una rota di grandissime dimensioni, affiancata da quattro rotae più piccole e da altri motivi rettangolari.

Il Giovenale ci ha lasciato un ampio resoconto dei lacerti affrescati allora esistenti. Il ciclo della navata è oggi purtroppo quasi completamente perduto. La parete è divisa in riquadri sormontati da un fregio nel quale si affacciano clipei con maschere classiche; i riquadri stessi sono coronati da lunette dove appaiono cornucopie e sono affiancati da un fregio a candelabro. Sotto, dopo un altro fregio a motivi vegetali, altri riquadri rettangolari recano una grande cornice con un motivo di drappeggi in cui si affacciano amorini. Da notare che il Giovenale identificò frammenti d'affresco, purtroppo ridottissimi, anche negli strombi delle finestre absidali.
Il registro inferiore raffigurava scene dal Nuovo Testamento; quello superiore destro, scene dall'Antico, e precisamente dal Libro di Daniele, con Storie di Nabucodonosor. Il registro alto della parete sinistra (doveva invece raffigurare storie tratte dal Libro di Ezechiele, relative alle vicende degli Ebrei che si ribellano a Dio e alla conseguente distruzione di Gerusalemme: negli exempla biblici scelti (il superbo e idolatra Nabucodonosor, gli Ebrei ribelli) si è voluto intravvedere un monito rivolto a chi volesse ribellarsi alla potestà pontificia.
Gran parte della navata centrale è occupata dalla schola cantorum con due pulpiti. Il cero pasquale con piccolo leone marmoreo alla base e con stemma Caetani è firmato da Pasquale, un frate domenicano della fine del XIII secolo. I plutei del restauro di Alfano portano sul retro, in due casi, decorazioni dell'VIII secolo. Su un marmo collocato attualmente nell'iconostasi (ma originariamente inserito nel pavimento) è scritto: Alfanus fieri tibi fecit Virgo Maria / et Genetrix Regis Summi Patris alma Sophya.

Al centro del presbiterio sorge l'altare, un antico pezzo lavorato di granito rosso, contenente le reliquie dei ss. Cirilla, Ilario e Coronato, forse del tempo di Adriano I; esso è coperto dalla mensa marmorea dell'età di Callisto II con l'epigrafe della consacrazione:
+Anno MCXXIII, indictione I, est dedicatum hoc altare per manus Domini Calixti PP. II, V sui pontificatus anno, mense maio, die VI, Alfano Camerario eius dona plurima largienti.
L'altare è sormontato dal piccolo ciborio, opera di Deodato, terzo figlio di Cosma il Giovane (1294). Sulla sedia episcopale si legge, attorno al disco, l'iscrizione dedicatoria di Alfano: Alfanus fieri tibi fecit Virgo Maria.

Nella navata destra, una porta conduce nella sagrestia, costruita nel 1647 e rinnovata nel 1767. Qui si trova il mosaico di Giovanni VII (706-707) raffigurante l'Epifania e proveniente dall'oratorio di quel papa in S. Pietro, trasferito qui nel 1639. Altri frammenti sono conservati in Vaticano e agli uffizi di Firenze.

Accanto è la cappella del coro invernale, del 1686, che sull'altare conserva l'immagine della Madonna Theotokos (Madre di Dio), opera trecentesca di scuola romana, ridipinta più volte.

Tornati alla navata centrale, da una scala sotto la schola cantorum si scende nella cripta, ricavata nei resti dell'Ara Maxima Herculis Victoris e riaperta nel 1717. E' un ambiente a tre navate, spartito da sei colonne romane di recupero dell'VIII secolo. Costruita da Adriano I, è l'unica cripta altomedioevale di Roma non seminanulare. In fondo all'absidiola della cripta è un altare del VI secolo. Vi è anche un mosaico, sempre dell'VIII secolo. I restauri di fine ottocento hanno rimesso in luce i filari di blocchi di tufo identificati con l'Ara Maxima Herculis.

Nella navata sinistra la cappella del Crocifisso, edificata su disegni del Giovenale, che conserva un bel tabernacolo in marmi policromi del 1727, così come settecentesco è il Battistero. 

La piazza antistante, denominata della Bocca della Verità, così come la zona circostante, era popolata nel Medioevo da una comunità greca, tanto da prendere il nome di Ripa Greca, mentre nei secoli più vicini a noi, spostatosi a nord il baricentro cittadino, decadde e fu popolata da numerosi fienili, da cui il nome di alcune strade ancor oggi (via dei Fienili, via dei Foraggi). Nel 1715 papa Clemente XI fece risistemare la zona erigendo la fontana dei Tritoni che ancor oggi è davanti la chiesa, garbata opera tardo barocca di Carlo Bizzaccheri. L'aspetto attuale della zona è dovuto alle ampie demolizioni effettuate nel 1924-1925 che isolarono i due templi tardo repubblicani denominati di Vesta e della Fortuna Virile e che invece erano dedicati rispettivamente ad Ercole ed a Portunus, divinità fluviale preposta alla tutela dell'adiacente porto. Entrambi devono la loro eccezionale conservazione al fatto che nel XII e nel IX secolo furono trasformati in chiesa, costituendo oggi due tra i più antichi edifici conservati a Roma.

Le sistemazioni degli anni venti e trenta del XX secolo, così come hanno fatto scomparire l'aspetto rurale della zona, hanno anche eliminato le attrezzature industriali e di servizio che negli anni di Pio IX si erano insediate nell'aerea, come ad esempio la centrale del gas che fino al 1935 occupava la valle del Circo Massimo, mentre sopravvisse, trasformata in uffici comunali, la mole dell'ex pastificio Pantanella, che ancor oggi schiaccia con i suoi volumi le linee dell'adiacente chiesa di S. Maria in Cosmedin. L'edificio, noto ai più per essere sede degli uffici elettorali, conserva anche una curiosa collezione, quella dei fondali scenici del teatro dell'opera.