Procedendo, lungo la galleria Q1 oltre alla scala di uscita Z, si incontrano subito due importanti cripte storiche: sulla destra la cripta di Papa Gaio e sulla sinistra quella del papa martire Sant'Eusebio.

La Cripta di San Gaio
La cripta occupa un posto speciale nelle Catacombe di S.Callisto per le sue proporzioni davvero eccezionali. Poteva contenere più di sessanta persone. Fu progettata fin dall'origine così vasta per favorire le riunioni comunitarie. Attraverso l'ampio lucernario, situato nella galleria, venivano assicurate alla cripta la luce e la sufficiente aerazione. La decorazione è molto sobria; le pareti furono rivestite di un semplice strato di stucco bianco.

Nelle pareti laterali si trovano molti loculi, ma solo tre nella parete di fondo. Il loculo di mezzo, di proporzioni considerevoli, è la tomba principale e più importante di tutta la cripta. In essa si conservano i frammenti dell'iscrizione greca del papa Gaio:

La Cripta di Sant'Eusebio
Si trova di fronte a quella di S.Gaio. È di forma rettangolare, ma non eccessivamente spaziosa. Le pareti e il pavimento erano rivestiti di marmo. Il lucernario è moderno, quello originale si apriva sul soffitto della galleria.

La cripta contiene tre arcosoli. Nell'arcosolio della parete destra era situato il sepolcro di S.Eusebio. L'interno era rivestito di marmo, con l'arco decorato a mosaico. In esso si trova una grande lastra marmorea moderna su cui è inciso il carme composto da papa Damaso in onore di Sant'Eusebio. Al centro della stanza sepolcrale è collocata una rozza copia di questo carme, fatta incidere dopo la devastazione gotica dal papa Vigilio (537-559). Sul retro la lastra contiene una dedicazione in onore di Caracalla.

L'iscrizione del papa Damaso ricorda la bontà e la misericordia del pontefice verso i lapsi, gli apostati del Cristianesimo, cioè di coloro che, per paura delle persecuzioni, avevano rinnegato la fede.

Opposta al pontefice era la posizione di Eraclio, un esponente del clero romano, che non accettava il loro pentimento. Il Papa sosteneva che sull'esempio di Cristo, che aveva perdonato sempre, bisognava essere comprensivi e perdonare gli apostati dopo un periodo di adeguata penitenza.

La controversia, già dibattuta sotto il pontificato del papa S. Cornelio (251-253), causò vivaci contrasti soprattutto nella seconda metà del 3º secolo e all'inizio del 4º. Furono provocati disordini. L'imperatore Massenzio, a causa degli scontri tra le due fazioni religiose, fece allontanare da Roma i loro esponenti. Eusebio fu mandato in esilio in Sicilia, dove morì di stenti qualche tempo dopo. La Chiesa lo considerò subito un vero martire. Il suo successore S. Milziade ne fece riportare il corpo a Roma e lo depose in questa cripta che da lui prese il nome.
Il carme reca la dedica "Damaso vescovo fece (l'iscrizione) a Eusebio, vescovo e martire". Ecco il testo del carme:

Il cubicolo è stato completamente restaurato fin dai primi secoli a causa del tufo poco consistente. Il cubicolo di fronte, più grande di un comune cubicolo di catacomba, serviva come luogo di culto accanto a tombe venerate.
Proseguendo il percorso nella galleria Q1, si incontra un doppio cubicolo, rischiarato in antico da un ampio lucernario. A sinistra si trova

Il cubicolo dei 5 Santi
È stato chiamato così perché nella parete di fondo erano rappresentate cinque persone oranti in mezzo ad un giardino, allietato dal canto degli uccelli, con piante cariche di fiori e di frutti: chiara immagine del paradiso. Sopra ogni figura è stato posto il nome accompagnato dall'augurio " In pace": "Dionisia in pace, Nemesio in pace, Procopio in pace, Eliodora in pace, Zoe in pace". La pittura viene datata agli inizi del 4º secolo.
A destra c'è

Il cubicolo del diacono Severo
Esso apparteneva a questo ecclesiastico, il quale era stato autorizzato a scavarlo dal suo papa Mercellino (296-304). Nel grande ambiente è incisa, su una transenna marmorea che chiudeva un arcosolio, un'iscrizione metrica, una delle più importanti e suggestive della Roma sotterranea. I primi versi dell'iscrizione parlano della proprietà del cubicolo: " Questo diacono Severo, autorizzato dal suo PP (papa) Marcellino, fece un cubicolo doppio (formato da due ambienti contigui), con arcosoli e lucernario, quale tranquilla dimora nella pace per sé e per i suoi cari, dove custodire (per Dio), creatore e giudice, per lungo tempo le care membra nel sonno...".

L'iscrizione continua col ricordo affettuoso del padre Severo verso la figlioletta: ":Severa, dolce per i genitori e per i servi, rese (l'anima ancor) vergine (cioè fanciulla) il 25 gennaio. A lei il Signore volle concedere fino dalla nascita mirabile sapienza e bellezza ...".
L'iscrizione è importante dal punto di vista dogmatico, perché esprime la fede nella risurrezione dei corpi: "Il corpo mortale è qui sepolto in tranquilla pace fino a quando lo farà risorgere il Signore, Colui che ne rapì l'anima casta pudica e per sempre inviolabile con il suo santo spirito, e che la restituirà (al corpo) adorna di gloria spirituale. Visse nove anni, undici mesi e quindici giorni. Così è passata da questa vita terrena".
L'iscrizione è importante anche dal punto di vista storico, perché è il primo documento epigrafico in cui il Vescovo di Roma è nominato con il titolo di "papa" (padre). Da allora il termine venne usato come sinonimo del Vescovo di Roma. La parola non è incisa per intero, bensì con la sigla PP, la stessa tuttora usata dai papi nelle loro firme.
Lasciando ora la strada maestra della galleria Q1 e girando a sinistra ci inoltriamo nella galleria R2, sulla sinistra della quale si trova

Il cubicolo delle Pecorelle
Il sepolcro di fondo è costituito da una nicchia per sarcofago, sormontata da un arco. L'arco e la lunetta contengono una pittura del 4º secolo, danneggiata dall'apertura di un loculo. Al centro dell'arcosolio c'è l'immagine del Buon Pastore con la pecorella sulle spalle, circondato dal gregge (un montone e cinque pecore). La scena rappresenta Cristo Buon Pastore che porta il defunto tra le schiere dei beati. Ai lati due uomini in tunica e pallio si affrettano a bere alle due sorgenti che scaturiscono dalla roccia: sono due beati che si ristorano alle fonti dell'acqua viva che è Cristo.
Nella parete di sinistra della nicchia si trova una scena eucaristica che può definirsi unica nella pittura, mentre è frequente nei sarcofagi. Gesù impone le mani su un cesto di pani e su alcuni pesci presentati a Lui da due Apostoli. In terra sei cesti di pane con sopra la croce. La pittura venne in seguito danneggiata per l'apertura di una nicchietta per lampade. Sulla parete destra dell'arcosolio è raffigurato Mosè che si scioglie i sandali. Accanto appare Pietro nell'atto di percuotere la roccia per farne scaturire l'acqua. Un soldato con la spada al fianco, si avvicina alla fonte e prende l'acqua a due mani. Mosè è simbolo dell'antica Legge, Pietro della nuova. L'acqua della rupe è simbolo di quella battesimale; il soldato vestito come un militare romano rappresenta i primi pagani convertiti da Pietro.