Certamente l'edificio più celebre e ricordato da tutti, posto un po' fuori dall'area archeologica, è la Villa dei Misteri. Collocata su un terrapieno contenuto da solide mura e da un criptoportico, fu eretta alla metà del III secolo a.C. e subì in seguito rifacimenti, aggiunte e sopraelevazioni che la trasformarono da villa suburbana in villa patrizia; dopo il terremoto del 62 d.C. fu ridotta a villa rustica e a masseria. A pianta pressoché quadrata, ampia e articolata, la villa comprende un quartiere d'alloggio che si svolge intorno all'atrio tuscanico e al tablino, e un quartiere rustico.

Nell'età imperiale, pur continuando a sussistere tutti i tipi precedenti, il rinnovamentodell'organismo tradizionale della casa italica-romana ed ellenistico-romana, sia nella pianta che nell'alzato, giunge alle sue estreme conseguenze.Vi concorrono il decadimento delle famiglie patrizie ed il progressivo livellamento economico della popolazione, il più accentuato urbanesimo e la conseguente mancanza di spazio e l'alto costo delle aree fabbricabili. Abbandonato così decisamente qualsiasi legame con gli schemi tradizionali e adottato su larga scala il principio dello sviluppo verticale nasce ora la casa romana vera e propria (fine I- II sec. a.C.). Essa è caratterizzata dal tipo di abitazione intensiva, e quindi da un accentuato sviluppo di piani, e dall'importanza che viene ad assumere il cortile, grande e spesso porticato, talvolta anche con tabernae e botteghe artigiane, che, oltre a servire di areazione e di illuminazione, diviene l'organo di raccordo di tutti gli elementi della casa. Questa, costruita per intero in muratura, con pareti di notevole spessore e facciate in cortina laterizia non intonacata, si innalza per quattro o cinque piani fino a superare i 15 metri di altezza con numerosi appartamenti che un largo uso di scale in muratura rende il più possibile indipendenti fra loro. Ogni appartamento raggruppa da tre a cinque stanze, coperte a vòlta nei primi due piani, con travature di legno e soffitto a incannucciata in quelli superiori, e senza particolari caratteristiche strutturali nell'interno. Le finesre sono numerose e grandi, disposte piuttosto simmetricamente e spesso suddivise in bifore e trifore; frequente, specialmente al primo piano, la presenza di ballatoi e balconi lignei o in muratura; e non rare le terrazze agli ultimi piani. Ma la copertura terminale è comunemente a solaio e tetto con tegole e coppi. Naturalmente, numerose sono le varianti, ad esempio i pianterreni con tabernae aperte sulla strada oppure con portici a pilastri o con veri e propri appartamenti, e i grandi palazzi signorili a cortile porticato.